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Im frühen 11. Jahrhundert entstand hier bei Aesch im Kanton Basel Landschaft die erste Burg, jedoch sind davon heutzutage keinerlei Reste mehr sichtbar. Man vermutet, dass die einstigen Bauherren Angehörige eines fränkischen Königshofes waren, genaue Angaben existieren aber diesbezüglich nicht. Gegen Ende des 12. Jahrhunderts gelangte die Burg in den Besitz der Grafen von Thierstein, ein in dieser Region bekanntes Adelsgeschlecht, welche aus der nahe gelegenen Burg Dorneck und der Burg Pfeffingen ihren Hauptsitz machten, wobei die Burg Pfeffingen vorwiegend als Unterkunft für die Bediensteten der Thiersteins diente. In der Mitte des 13. Jahrhunderts wurde die Anlage umfassend umgebaut und neu gestaltet, aus dieser Zeit stammte unter anderem auch der Wohnturm, dessen Überreste heute hauptsächlich das Erscheinungsbild der Ruine prägen. Mit Beginn des 14. Jahrhunderts geriet die Burg in Lehensabhängigkeit des Bistums Basel (die genauen Gründe dafür sind jedoch nicht bekannt), da aber das Verhältnis der Thiersteiner zum Bistum Basel nicht das Beste war, belagerte der Bischof von Basel 1335 die Burganlage, konnte jedoch keinen Erfolg erzielen. Beim grossen Erdbeben von Basel im Jahre 1356 wurde auch die Burg Pfeffingen beschädigt, danach wieder aufgebaut und um weitere Bauwerke ergänzt.
Die meisten Konflikte um die Burg Pfeffingen fanden im 15. Jahrhundert statt, nahezu ausnahmslos handelte es sich dabei um Auseinandersetzungen zwischen der Familie Thierstein und dem Bistum der Stadt Basel. Von 1376 bis 1446 wurde Anlage ganze vier Mal belagert, beim ersten Mal wurde die Burg niedergebrannt und wieder neu aufgebaut, beim zweiten Mal die Streitigkeiten diplomatisch beigelegt, beim dritten Mal die Burg erobert und besetzt und schliesslich beim vierten Mal durch einen Überraschungsangriff zurück erobert, wodurch die Burg Pfeffingen wieder in den Besitz der Thiersteiner und somit letztlich auch in den Einzugsbereich von Habsburg-Österreich gelangte. Mit Aussterben des Thierstein-Geschlechts im Jahr 1519 sah Basel die Zeit gekommen, Pfeffingen endlich in den eigenen Besitz zu bringen, 1520 erfolgte die Besetzung, obwohl auch Solothurn Anspruch auf jene Burg erhoben hatte. Die neuen Streitigkeiten konnten 1522 beigelegt werden, das Bistum Basel konnte die Burg behalten, die Stadt Basel im Gegenzug die Gemeinde Riehen kaufen.
Die zahlreichen kriegerischen Auseinandersetzungen um Pfeffingen hat der Burg schwer zugesetzt, sodass ab 1571 einige alte Bauwerke durch neue ersetzt und andere neu hinzugefügt wurden. Im Dreissigjährigen Krieg wurde 1673 die Anlage von schwedischen Truppen besetzt und erst nach elf Jahren 1684 wieder dem Bischoff von Basel überlassen – allerdings erneut in einem sehr schlechten Zustand. Um 1750 wurde die Burg endgültig aufgegeben und schliesslich 1761 zum Zwecke des Abbruches versteigert, von da an verfiel die Burg zusehends.
Erst seit 1931 wurden die Überreste der Burg nach und nach wieder freigelegt, restauriert und konserviert, von 2013 bis 2017 mit grossem Aufwand durch den Kanton Basel Landschaft saniert. Seitdem ist die Ruine Pfeffingen ein beliebtes Ausflugsziel und Naherholungsgebiet für die Region Basel. Von hier oben kann man schönen Wetterlagen tief ins Umland sehen, natürlich nicht nur die Stadt Basel, sondern auch die Sehenswürdigkeiten der Umgebung, sowie bis tief nach Deutschland und Frankreich hinein. Vom Bahnhof SBB in Basel aus kann man die Ruine sehr gut mit dem ÖV erreichen, die Fahrzeit beträgt weniger als eine Stunde mit dem Tram 11 der BLT. Der Aufstieg zur Ruine vom Dorf Pfeffingen aus ist steil, erfreulicher Weise ist aber der Weg nicht allzu lang. Je nach Wetterlage kann es nicht schaden, griffiges Schuhwerk zu tragen, so manch ein Untergrund im Burgareal kann recht rutschig werden.
